熒光蛋白激發光源應用于植物和動物研究實驗室，為廣大動植物研究的科研工作者帶來了諸多的便利，以下為熒光蛋白激發光源常見應用：

　　1、有時候，研究者們需要對小鼠的伏隔核進行穿孔，以便進一步生化分析。如果能觀測到共轉染的熒光，就能很容易找到正確的穿孔部位。研究者們就可以用單熒光蛋白觀測手電筒來觀測熒光，從而找到正確穿孔位置的。研究者從小鼠大腦中提取GFP標記的背紋體。他們把這比喻成：從一個大一點的燕麥片中分離出一塊小的燕麥片，這是很困難的。但是他們用的單熒光蛋白觀測手電筒，就很容易看到大腦中的目標區域，從而讓解剖更準確。

　　2、用單熒光蛋白觀測手電筒，可以很快的檢測樣本是否染色成功。

　　3、用于結核分枝桿菌重組株的篩選，在結核分枝桿菌中成功構建了高效同源重組系統,利用該系統構建了rv1364c、pstP跨膜區、pstP胞外區三個突變株,得到雙交換突變株的效率為25％-62.5％,從雙交換突變株得到無痕缺失突變株的效率為100％.通過gfp作為熒光標記基因,利用激發光源和熒光觀測眼鏡,可以對平板上的基因缺失株直接進行快速判定。